重慶醫科大學附屬兒童醫院于1956年由上海醫學院兒科系遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士后流動站，是首批兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示范基地、國家精品課程、國家級教學團隊、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構；擁有重慶市兩個重點實驗室、重慶市干細胞治療工程中心；是全國文明單位、全國“三八”紅旗單位、全國優秀衛生計生機構、全國衛生系統先進集體、全國精神文明建設工作先進單位和全國醫德建設先進單位。在全國最佳醫院排行榜中位居兒童醫院前列，在2014年首次發布的中國醫科院醫院科技影響力排行榜中，重慶兒童醫院兒科學排名第三位。
　　醫院宗旨：提供兒童醫療服務，開展醫學研究，培養兒科醫學人才；醫院院訓：嚴謹、求實、創新、奉獻；醫院發展定位：立足重慶，面向西部，輻射全國，走向世界，建設國內前列、達國際先進水平的兒童醫學中心，以領先的科研、教學和創新技術水平促進醫學事業進步，推動兒童健康事業不斷發展。
　　醫院現有員工2714名，博士生導師26名、高級職稱專家250名、享受政府特殊津貼專家15名。是中華醫學會兒科學分會、兒外科分會、中華預防醫學會兒童保健分會副主任委員單位，《中華兒科雜志》、《中華小兒外科雜志》副總編及國內10余家雜志副總編和編委單位；全國統編教材《兒科學》第六、七、八版教材主編、副主編單位。全國高等學校普通高等教育兒科專業“十二五”國家級規劃教材《兒童保健學》第三版、《小兒外科學》第五版和《兒科人文與醫患溝通》主編單位；《小兒傳染病學》第四版、《兒科雙語教材》、《兒科醫生實習手冊》副主編單位。是重慶醫學會兒科分會、兒外科分會、康復學會、婦幼營養專委會主任委員單位。
　　醫院本部編制床位1400張，禮嘉分院先期開放床位250張。2014年門急診量218萬，年住院病人6.5萬，外埠病人比例近40%。醫院專業設置齊全，是全國聯網的兒童急救中心、重慶市哮喘防治中心、重慶市危重新生兒及早產兒急救中心、重慶市兒童營養研究中心、重慶市新生兒篩查機構、重慶市兒童創傷診治中心、重慶市兒童五官診治中心、重慶市兒童發育行為與心理健康中心、重慶市兒童康復中心。共有43個臨床和醫技科室，重癥醫學（ICU）、呼吸、新生兒、兒外科、臨床護理獲國家臨床重點專科建設項目。兒童肝移植、原發性免疫缺陷病異基因骨髓移植、HIFU治療實體瘤、臨床分子診斷等居全國領先。
　　兒科學院是全國規模最大的兒科醫師培養基地和兒科學國家級繼續教育基地、住院醫師規范化培訓基地，承擔著臨床醫學（兒科方向）本科、碩士、博士、博士后教育及臨床進修、醫護人員規范化培訓等培訓任務。年招收本科、七年制、碩士、博士研究生400-500名，進修生及規范化培訓人員200-300名。擁有先進、齊備的教學設備和臨床技能訓練室供學員學習和模擬訓練。
　　兒科研究所是醫院科研的重要基地，為發育與疾病教育部重點實驗室，以“發育與疾病”為主線形成“免疫與感染”、“神經精神疾病”、“先天畸形與組織工程”、“腫瘤發病機制與個體化治療”四大方向，初步形成基礎與臨床相互合作與滲透的構架。小兒臨床免疫、兒童保健、兒童呼吸病學、泌尿外科和新生兒病學是重慶市醫學重點學科，神經內科、心血管內科、兒童腫瘤科是醫院重點學科。團隊引進多名加拿大UBC（包括皇家科學院院士和健康科學院院士各1名）和其他海外大學高端科研人才，榮獲重慶市首屆“兩江學者”、教育部“長江學者”講座教授、中組部“千人計劃”稱號等。近五年，獲國家自然科學基金中加合作重大項目、重點項目和面上項目居兒科界前列，獲衛生行業科研專項1項，承擔科技部“863”、“973”計劃、國家“科技支撐計劃”、“衛生行業科研專項”合作項目15項。獲教育部科技進步二等獎、重慶市科技進步一等獎、“宋慶齡兒科醫學獎及成果獎”、中華醫學獎等23項。近三年發表SCI論文238篇、CSCD論文490篇。主辦《兒科藥學雜志》。
　　醫院高度重視對外交流，堅持開放合作，先后與美、英、加、日、澳、香港等20多個國家和地區學術機構建立了友好合作關系，與美國辛辛那提兒童醫學中心建立長期全面合作關系，與英國倫敦大學醫學院兒童健康研究所簽定合作協議。近三年成功舉辦國際學術會議7次。
　　醫院主動承擔社會責任，參與公益活動，申請到“明天計劃”、“微笑列車”、“重生行動”、“肢殘兒童矯治計劃”、神化集團捐贈“白血病基金”等各種基金項目，并牽頭建立“重慶市希望工程--小天使基金”，減免貧困疾病兒童診治費用，為緩解貧困疾病兒童看病難做出了積極貢獻。
　　醫院堅持開放合作，共同發展，積極支持各兄弟單位兒科事業發展，先后與重慶周邊地區66家兄弟醫院建立幫扶指導關系，與省外12家醫院建立密切合作關系，為促進中國兒科事業發展做出積極貢獻。